Η ΕΓΝΑΤΙΑ ΟΔΟΣ Α.Ε. στοχεύει στην προστασία των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων και εκπονεί πρόγραμμα παρακολούθησης και εκτίμησης της ποιότητας των νερών απορροής του αυτοκινητοδρόμου στα σημεία εκφόρτισης σε παρακείμενους αποδέκτες.

Οι ρυπαντικές παράμετροι που παρουσιάζουν ενδιαφέρον και σχετίζονται περισσότερο με τη λειτουργία των αυτοκινητοδρόμων είναι: COD, Ολικά στερεά, Λίπη και Έλαια, Βαρέα μέταλλα, κλπ.

Οι περιοχές και τα σημεία στα οποία πραγματοποιούνται οι μετρήσεις επιβάλλονται από τους Περιβαλλοντικούς Όρους καθώς και από την ευαισθησία του εκάστοτε οικοσυστήματος.