Η διαχείριση της ποιότητας της ατμόσφαιρας αποτελεί στόχο της EΓΝΑΤΙΑ ΟΔΟΣ Α.Ε. και συνδέεται τόσο με την ποιότητα της ζωής των κατοίκων παρακείμενων στην οδό οικισμών, όσο και με την πολιτική κατά της παγκόσμιας υπερθέρμανσης (Πρωτόκολλο του Κιότο).

Η ΕΓΝΑΤΙΑ ΟΔΟΣ Α.Ε. εκπονεί πρόγραμμα παρακολούθησης της συγκέντρωσης των αέριων ρυπαντών, σε επιλεγμένες περιοχές κατά μήκος του άξονα της οδού, βάση των απαιτήσεων των Κοινών Υπουργικών Αποφάσεων έγκρισης των Περιβαλλοντικών Όρων.

Οι αέριοι ρύποι που μετριούνται είναι: CO (μονοξείδιο άνθρακα), NO2 (διοξείδιο αζώτου), SO2 (διοξείδιο θείου), O3 (όζον), PM10 (μικροσωματίδια), BTX (Benzene, Toluene, Xylenes) και Pb (μόλυβδος). Ταυτόχρονα, σε κάθε σημείο μέτρησης παρακολουθούνται και βασικές μετεωρολογικές παράμετροι (ταχύτητα, κατεύθυνση ανέμου), λόγω του ότι επηρεάζουν σημαντικά τη διαμόρφωση των επιπέδων της ατμοσφαιρικής ρύπανσης.

Επιπρόσθετα οι περισσότερες από τις σήραγγες της Εγνατίας Οδού είναι εξοπλισμένες με μετρητές CO (μονοξείδιο άνθρακα) και NO (μονοξείδιο αζώτου), ούτως ώστε να μετριούνται συνεχώς τα επίπεδα των συγκεκριμένων ρυπαντών και να διατηρείται η ποιότητα της ατμόσφαιρας στο εσωτερικό τους.