Το τμήμα της Εγνατίας Οδού που διασχίζει την Ήπειρο εκτείνεται από το λιμάνι της Ηγουμενίτσας έως την Παναγιά και έχει μήκος 123 χλμ. Σήμερα το σύνολο των τμημάτων της Εγνατίας στην ΄Ηπειρο έχουν ολοκληρωθεί και δοθεί σε κυκλοφορία με εξαίρεση μία γέφυρα μήκους 400 μ. (Τ9-Τ11) στο τμήμα ΄Αραχθος-Περιστέρι, η οποία προβλέπεται να ολοκληρωθεί στο αμέσως επόμενο διάστημα.

Ο αυτοκινητόδρομος έχει τετράιχνη διατομή πλάτους 22 μ. με δύο λωρίδες κυκλοφορίας και Λωρίδα Έκτακτης Ανάγκης (ΛΕΑ) ανά κατεύθυνση και διαχωρισμό των δύο κλάδων με new jersey.

Πρόκειται για το δυσκολότερο, τεχνικά, τμήμα της Εγνατίας οδού λόγω της ιδιαίτερα δύσκολης γεωμορφολογίας της ζώνης διέλευσής του (ο άξονας τέμνει κάθετα τον ορεινό όγκο της Πίνδου) και των σοβαρών γεωλογικών προβλημάτων που καθόρισαν σε μεγάλο βαθμό τις επιλογές χάραξης της οδού.

Περίπου το 30% του μήκους της Εγνατίας οδού στην Ήπειρο αποτελείται από μεγάλα τεχνικά έργα. Συγκεκριμένα κατασκευάζονται 32 δίδυμες σήραγγες, που καλύπτουν μήκος οδού 30 χλμ. περίπου (συνολικό μήκος διάτρησης ανηγμένο σε μονό κλάδο 58 χλμ.). Κατασκευάζονται επίσης 7,5 χλμ. διπλές γέφυρες (ή 15 χλμ. ανηγμένα σε μονό κλάδο). Πέντε (5) από τις γέφυρες αυτές έχουν μήκος μεγαλύτερο από 500 μ. Επίσης έχουν κατασκευαστεί 13 Ανισόπεδοι Κόμβοι.

Μεταξύ των μεγάλων τεχνικών του τμήματος αναφέρονται:

• Η δίδυμη σήραγγα Δωδώνης, μήκους 3,3 χλμ. ανά κλάδο κυκλοφορίας\
• Η δίδυμη σήραγγα Δρίσκου, μήκους 4,5 χλμ. ανά κλάδο κυκλοφορίας, η οποία είναι η μεγαλύτερη της Εγνατίας Οδού.
• Η δίδυμη σήραγγα Μετσόβου, μήκους 3,5 χλμ.
• Οι γέφυρες Αράχθου και Μετσοβίτικου Ποταμού. Πρόκειται για τεχνικά έργα με ιδιαίτερο ενδιαφέρον σε περιοχές υψηλού φυσικού κάλλους. Η γέφυρα του Αράχθου ποταμού έχει μήκος 1000 μ. περίπου, ενώ η γέφυρα στον Μετσοβίτικο ποταμό με μήκος 530 μ., έχει πολύ υψηλά βάθρα (>100 μ.) και μεσαίο άνοιγμα 230 μ.

Η συνολική δαπάνη για την ολοκλήρωση των 123 χλμ. του αυτοκινητόδρομου στην Ήπειρο ανέρχεται σε περίπου 2,2 δις € (χωρίς ΦΠΑ). Η χρηματοδότηση των έργων γίνεται από εθνικούς και κοινοτικούς πόρους (50%) στο πλαίσιο των προγραμμάτων του Β΄και Γ΄ΚΠΣ (ΕΠ-ΟΑΛΛΑ και ΠΕΠ Ηπείρου) και του Ταμείου Συνοχής. Για την κάλυψη μέρους της εθνικής συνδρομής έχουν εξασφαλισθεί δάνεια από την Ευρωπαϊκή Τράπεζα Επενδύσεων (ΕΤΕπ).